Heinz-Christian Schaper war nach dem Studium zunächst als Dirigent, Komponist, Kirchenmusiker und Aufnahmeleiter beim NDR tätig. Von 1963 bis 1992 arbeitete er als Lehrer im gymnasialen Schuldienst, ab 1975 als Lehrbeauftragter an niedersächsischen Universitäten. 1990 wurde er von der Universität Hildesheim zum Honorarprofessor ernannt. Er legte zahlreiche Publikationen für die Unterrichtspraxis vor. Sein Lehrwerk „Liedbegleitung improvisiert“ erschien 1995 bei der ConBrio Verlagsgesellschaft.